Joseph Eggleston Johnston nació el 3 de febrero de 1807, cerca de Farmville, VA. Hijo del juez Peter Johnston y su esposa Mary, fue nombrado por el mayor Joseph Eggleston, el oficial al mando de su padre durante la Revolución Americana. Johnston también estaba relacionado con el gobernador Patrick Henry a través de la familia de su madre. En 1811, se mudó con su familia a Abingdon, cerca de la frontera de Tennessee, en el suroeste de Virginia..
Educado localmente, Johnston fue aceptado en West Point en 1825 después de ser nominado por el Secretario de Guerra John C. Calhoun. Miembro de la misma clase que Robert E. Lee, fue un buen estudiante y se graduó en 1829 en el puesto 13 de 46. Comisionado como segundo teniente, Johnston recibió una asignación a la 4ta Artillería de los EE. UU. En marzo de 1837, dejó el ejército para comenzar a estudiar ingeniería civil..
Más tarde ese año, Johnston se unió a una expedición topográfica a Florida como ingeniero topográfico civil. Dirigido por el teniente William Pope McArthur, el grupo llegó durante la Segunda Guerra Seminole. El 18 de enero de 1838, fueron atacados por los Seminoles mientras estaban en tierra en Júpiter, FL. En la lucha, Johnston fue rozado en el cuero cabelludo y McArthur herido en las piernas. Más tarde afirmó que había "no menos de 30 agujeros de bala" en su ropa. Después del incidente, Johnston decidió unirse al Ejército de los EE. UU. Y viajó a Washington, DC en abril. Nombrado primer teniente de ingenieros topográficos el 7 de julio, fue brevemente designado para capitanear por sus acciones en Júpiter..
En 1841, Johnston se mudó al sur para participar en el estudio de la frontera entre Texas y México. Cuatro años después, se casó con Lydia Mulligan Sims McLane, la hija de Louis McLane, presidente del ferrocarril de Baltimore y Ohio y ex político destacado. Aunque se casó hasta su muerte en 1887, la pareja nunca tuvo hijos. Un año después de la boda de Johnston, fue llamado a la acción con el estallido de la guerra mexicano-estadounidense. Sirviendo con el ejército del mayor general Winfield Scott en 1847, Johnston participó en la campaña contra la Ciudad de México. Inicialmente parte del personal de Scott, luego se desempeñó como segundo al mando de un regimiento de infantería ligera. Mientras desempeñaba este papel, recibió elogios por su actuación durante las Batallas de Contreras y Churubusco. Durante la campaña, Johnston fue brevemente brevemente valiente, alcanzando el rango de teniente coronel, así como gravemente herido por un disparo de uva en la batalla de Cerro Gordo y fue golpeado nuevamente en Chapultepec.
Al regresar a Texas después del conflicto, Johnston se desempeñó como ingeniero topográfico jefe del Departamento de Texas desde 1848 hasta 1853. Durante este tiempo, comenzó a escribirle al Secretario de Guerra Jefferson Davis una serie de cartas solicitando una transferencia a un regimiento activo y discutiendo sobre sus breves filas de guerra. Estas solicitudes se rechazaron en gran medida, aunque Davis hizo que Johnston lo nombrara teniente coronel de la 1ra Caballería estadounidense recién formada en Fort Leavenworth, KS en 1855. Sirvió bajo el mando del coronel Edwin V. Sumner, participó en campañas contra los sioux y ayudó a sofocar al Sangrado crisis de Kansas. Ordenado a Jefferson Barracks, MO en 1856, Johnston participó en expediciones para inspeccionar las fronteras de Kansas.
Después del servicio en California, Johnston fue ascendido a general de brigada y se convirtió en Intendente General del Ejército de EE. UU. El 28 de junio de 1860. Con el comienzo de la Guerra Civil en abril de 1861 y la secesión de su Virginia natal, Johnston renunció al Ejército de EE. UU. Johnston, el oficial de más alto rango que abandonó el Ejército de los EE. UU. Para la Confederación, inicialmente fue nombrado general mayor en la milicia de Virginia antes de aceptar una comisión como general de brigada en el Ejército Confederado el 14 de mayo. Enviado a Harper's Ferry, tomó el mando de las tropas. que se había estado reuniendo bajo el mando del coronel Thomas Jackson.
Apodado el Ejército de Shenandoah, el comando de Johnston se apresuró hacia el este en julio para ayudar al General de Brigada P.G.T. Ejército de Poturec de Beauregard durante la Primera Batalla de Bull Run. Al llegar al campo, los hombres de Johnston ayudaron a cambiar el rumbo de la lucha y aseguraron una victoria confederada. En las semanas posteriores a la batalla, ayudó a diseñar la famosa bandera de batalla confederada antes de recibir un ascenso a general en agosto. Aunque su promoción se remontaba al 4 de julio, Johnston estaba enojado porque era menor que Samuel Cooper, Albert Sidney Johnston y Lee..
Como el oficial de más alto rango en abandonar el Ejército de EE. UU., Johnston creía firmemente que debería haber sido el oficial superior en el Ejército Confederado. Las discusiones con el ahora presidente confederado Jefferson Davis sobre este punto agriaron aún más su relación y los dos hombres se convirtieron efectivamente en enemigos por el resto del conflicto. Al mando del Ejército del Potomac (más tarde Ejército del Norte de Virginia), Johnston se mudó al sur en la primavera de 1862 para tratar con la Campaña de la Península del Mayor General George McClellan. Inicialmente bloqueando las fuerzas de la Unión en Yorktown y luchando en Williamsburg, Johnston comenzó una lenta retirada hacia el oeste.
Al acercarse a Richmond, se vio obligado a resistir y atacó al ejército de la Unión en Seven Pines el 31 de mayo. Aunque detuvo el avance de McClellan, Johnston resultó gravemente herido en el hombro y el pecho. Llevado a la retaguardia para recuperarse, se le dio el mando del ejército a Lee. Criticado por ceder terreno antes de Richmond, Johnston fue uno de los pocos que reconoció de inmediato que la Confederación carecía del material y la mano de obra de la Unión y trabajó para proteger estos activos limitados. Como resultado, su terreno frecuentemente se rindió mientras buscaba proteger a su ejército y encontrar posiciones ventajosas para luchar.
Al recuperarse de sus heridas, Johnston recibió el mando del Departamento de Occidente. Desde esta posición, supervisó las acciones del ejército de Tennessee del general Braxton Bragg y el mando del teniente general John Pemberton en Vicksburg. Con el mayor general Ulysses S. Grant haciendo campaña contra Vicksburg, Johnston deseaba que Pemberton se uniera a él para que su fuerza combinada pudiera derrotar al ejército de la Unión. Esto fue bloqueado por Davis que deseaba que Pemberton permaneciera dentro de las defensas de Vicksburg. Al carecer de los hombres para desafiar a Grant, Johnston se vio obligado a evacuar Jackson, MS permitiendo que la ciudad fuera tomada y quemada.
Con Grant asediando Vicksburg, Johnston regresó a Jackson y trabajó para construir una fuerza de ayuda. Al partir hacia Vicksburg a principios de julio, supo que la ciudad había capitulado el cuatro de julio. Volviendo a Jackson, fue expulsado de la ciudad más tarde ese mes por el mayor general William T. Sherman. Ese otoño, después de su derrota en la Batalla de Chattanooga, Bragg pidió ser relevado. De mala gana, Davis nombró a Johnston para que comandara el Ejército de Tennessee en diciembre. Al asumir el mando, Johnston fue presionado por Davis para atacar Chattanooga, pero no pudo hacerlo debido a la falta de suministros..
Anticipando que las fuerzas de la Unión de Sherman en Chattanooga se moverían contra Atlanta en la primavera, Johnston construyó una posición defensiva fuerte en Dalton, GA. Cuando Sherman comenzó a avanzar en mayo, evitó los asaltos directos a las defensas confederadas y en su lugar comenzó una serie de maniobras de giro que obligaron a Johnston a abandonar posición tras posición. Al dejar espacio para el tiempo, Johnston luchó una serie de pequeñas batallas en lugares como Resaca y New Hope Church. El 27 de junio, logró detener un asalto importante de la Unión en Kennesaw Mountain, pero nuevamente vio a Sherman moverse por su flanco. Enfurecido por la aparente falta de agresión, Davis reemplazó polémicamente a Johnston el 17 de julio con el general John Bell Hood. Hyper-agresivo, Hood atacó repetidamente a Sherman, pero perdió Atlanta en septiembre..
Con la fortuna confederada a principios de 1865, Davis fue presionado para darle al popular Johnston un nuevo comando. Nombrado para dirigir el Departamento de Carolina del Sur, Georgia y Florida, y también el Departamento de Carolina del Norte y Virginia del Sur, poseía pocas tropas para bloquear el avance de Sherman hacia el norte de Savannah. A finales de marzo, Johnston sorprendió a parte del ejército de Sherman en la batalla de Bentonville, pero finalmente se vio obligado a retirarse. Al enterarse de la rendición de Lee en Appomattox el 9 de abril, Johnston comenzó las conversaciones de rendición con Sherman en Bennett Place, Carolina del Norte. Después de extensas negociaciones, Johnston entregó las casi 90,000 tropas en sus departamentos el 26 de abril. Después de la rendición, Sherman le dio a los hombres hambrientos de Johnston diez raciones de días, un gesto que el comandante confederado nunca olvidó..