Guilá Naquitz es uno de los sitios arqueológicos más importantes de América, reconocido por sus descubrimientos innovadores en la comprensión de la domesticación de las plantas. El sitio fue excavado en la década de 1970 por el arqueólogo estadounidense Kent V. Flannery, utilizando métodos pioneros de muestreo ambiental y ecológico. Los resultados de esas técnicas de muestreo en Guila Naquitz y otras excavaciones que siguieron reescribieron lo que los arqueólogos habían entendido previamente sobre el momento de la domesticación de las plantas..
Guilá Naquitz es una pequeña cueva ocupada por cazadores-recolectores locales al menos seis veces entre 8000 y 6500 a. C., por cazadores y recolectores, probablemente durante el otoño (octubre a diciembre) del año. La cueva se encuentra en el valle de Tehuacán del estado de Oaxaca, México, a unos 5 kilómetros (3 millas) al noroeste de la ciudad de Mitla. La boca de la cueva se abre cerca de la base de un gran acantilado ignimbrita que se eleva ~ 1000 pies (300 metros) sobre el suelo del valle.
La información más temprana sobre la domesticación de muchos de los cultivos domesticados en los Estados Unidos (maíz, calabaza, calabaza y frijoles) se encontró en las décadas de 1950 y 1960 en depósitos explorados en cinco cuevas en México. Esos fueron Guilá Naquitz; Las cuevas de Romero y Valenzuela cerca de Ocampo, Tamaulipas; y las cuevas de Coxcatlán y San Marcos en Tehuacán, Puebla.
Se identificaron cinco estratos naturales (A-E) en los depósitos de la cueva, que se extendieron hasta una profundidad máxima de 55 pulgadas (140 centímetros). Desafortunadamente, solo los estratos superiores (A) se pueden fechar de manera concluyente, según las fechas de radiocarbono de sus pisos vivos y cerámica que coinciden con Monte Alban IIIB-IV, ca. 700 CE. Las fechas de los otros estratos dentro de la cueva son hasta cierto punto contradictorias: pero las fechas de radiocarbono de AMS en las partes de la planta que se descubrieron dentro de las capas B, C y D han devuelto fechas a hace casi 10,000 años, bien dentro del período arcaico y, por el momento en que se descubrió, esa era una fecha temprana alucinante.
Un debate considerable y acalorado ocurrió en la década de 1970, particularmente sobre las fechas de radiocarbono de los fragmentos de mazorca de teosinte (el precursor genético del maíz) de Guila Naquitz, preocupaciones que se disiparon en gran medida después de que se recuperaron fechas igualmente antiguas para el maíz de las cuevas de San Marcos y Coxcatlán en Oaxaca y Puebla, y el sitio Xihuatoxtla en Guerrero.
Se recuperó una amplia gama de alimentos vegetales dentro de los depósitos de la cueva de Guilá Naquitz, incluyendo bellotas, piñones, frutas de cactus, almejas, vainas de mezquite y, lo más importante, las formas silvestres de calabaza, calabaza y frijoles. Todas esas plantas serían domesticadas en unas pocas generaciones. Otras plantas atestiguadas en Guila Naquitz son los chiles, el amaranto, el chenopodium y el agave. La evidencia de los depósitos de la cueva incluye partes de plantas: pedúnculos, semillas, frutos y fragmentos de corteza, pero también polen y fitolitos..
Tres mazorcas con elementos vegetales tanto de teosinte (el progenitor salvaje del maíz) como del maíz, fueron encontradas dentro de los depósitos y fechadas directamente por el radiocarbono AMS que data de aproximadamente 5,400 años; han sido interpretados como signos de domesticación incipiente. Las cortezas de calabaza también fueron datadas por radiocarbono, regresando fechas de hace aproximadamente 10,000 años.