La batalla de Harpers Ferry se libró del 12 al 15 de septiembre de 1862, durante la Guerra Civil estadounidense (1861-1865).
Después de su victoria en la Segunda Batalla de Manassas a fines de agosto de 1862, el general Robert E. Lee eligió invadir Maryland con el objetivo de reabastecer al Ejército del Norte de Virginia en territorio enemigo, así como infligir un golpe en la moral del Norte. Con el ejército del general George B. McClellan del Potomac montando una persecución pausada, Lee dividió su mando con los generales mayores James Longstreet, J.E.B. Stuart y D.H. Hill entran y permanecen en Maryland, mientras que el mayor general Thomas "Stonewall" Jackson recibió órdenes de girar hacia el oeste y luego hacia el sur para asegurar Harpers Ferry. El sitio de la incursión de John Brown en 1859, Harpers Ferry estaba situado en la confluencia de los ríos Potomac y Shenandoah y contenía un arsenal federal. En terrenos bajos, la ciudad estaba dominada por Bolivar Heights al oeste, Maryland Heights al noreste y Loudoun Heights al sureste.
Al cruzar el Potomac al norte de Harpers Ferry con 11.500 hombres, Jackson tenía la intención de atacar la ciudad desde el oeste. Para apoyar sus operaciones, Lee envió a 8,000 hombres bajo el mando del general de división Lafayette McLaws y 3,400 hombres bajo el mando del general de brigada John G. Walker para asegurar Maryland y Loudoun Heights, respectivamente. El 11 de septiembre, el comando de Jackson se acercó a Martinsburg mientras que McLaws llegó a Brownsville aproximadamente a seis millas al noreste de Harpers Ferry. Al sureste, los hombres de Walker se retrasaron debido a un intento fallido de destruir el acueducto que transportaba el Canal Chesapeake y Ohio sobre el río Monocacy. Los guías pobres redujeron aún más su avance.
Mientras Lee se dirigía hacia el norte, esperaba que las guarniciones de la Unión en Winchester, Martinsburg y Harpers Ferry fueran retiradas para evitar que fueran cortadas y capturadas. Mientras que los dos primeros retrocedieron, el mayor general Henry W. Halleck, el general en jefe de la Unión, ordenó al coronel Dixon S. Miles retener a Harpers Ferry a pesar de las solicitudes de McClellan de que las tropas allí se unieran al Ejército del Potomac. Poseyendo alrededor de 14,000 hombres en gran medida inexpertos, Miles había sido asignado a Harpers Ferry en desgracia después de que una corte de investigación descubriera que había estado borracho durante la Primera Batalla de Bull Run el año anterior. Un veterano de 38 años del Ejército de los EE. UU. Que había sido brevet por su papel en el Asedio de Fort Texas durante la Guerra Mexicana-Americana, Miles no pudo entender el terreno alrededor de Harpers Ferry y concentró sus fuerzas en la ciudad y en Bolivar Heights. Aunque quizás la posición más importante, Maryland Heights solo estaba guarnecida por unos 1.600 hombres bajo el coronel Thomas H. Ford.
El 12 de septiembre, McLaws impulsó la brigada del general de brigada Joseph Kershaw. Obligados por un terreno difícil, sus hombres se movieron a lo largo de Elk Ridge hasta Maryland Heights, donde se encontraron con las tropas de Ford. Después de algunas escaramuzas, Kershaw decidió hacer una pausa para pasar la noche. A las 6:30 de la mañana del día siguiente, Kershaw reanudó su avance con la brigada del general de brigada William Barksdale en apoyo a la izquierda. Dos veces asaltando las líneas de la Unión, los confederados fueron derrotados con grandes pérdidas. Esa mañana, el mando táctico en Maryland Heights recayó en el coronel Eliakim Sherrill cuando Ford se había enfermado. Mientras la lucha continuaba, Sherrill cayó cuando una bala le golpeó la mejilla. Su pérdida sacudió a su regimiento, el 126 de Nueva York, que solo había estado en el ejército tres semanas. Esto, junto con un ataque en su flanco por parte de Barksdale, hizo que los neoyorquinos se rompieran y huyeran a la retaguardia..
En las alturas, el Mayor Sylvester Hewitt reunió las unidades restantes y asumió una nueva posición. A pesar de esto, recibió órdenes de Ford a las 3:30 de la tarde para retirarse al otro lado del río a pesar de que 900 hombres de la 115a Nueva York permanecían en reserva. Mientras los hombres de McLaws luchaban por tomar Maryland Heights, los hombres de Jackson y Walker llegaron al área. En Harpers Ferry, los subordinados de Miles se dieron cuenta rápidamente de que la guarnición estaba rodeada e imploró a su comandante que montara un contraataque en Maryland Heights. Creyendo que sostener Bolivar Heights era todo lo que era necesario, Miles se negó. Esa noche, envió al Capitán Charles Russell y a nueve hombres de la Primera Caballería de Maryland para informar a McClellan de la situación y que solo podía aguantar cuarenta y ocho horas. Al recibir este mensaje, el McClellan ordenó a VI Corps que se moviera para aliviar la guarnición y envió múltiples mensajes a Miles informándole que vendría ayuda. Estos no llegaron a tiempo para influir en los eventos.
Al día siguiente, Jackson comenzó a emplazar armas en Maryland Heights, mientras que Walker hizo lo mismo en Loudoun. Mientras Lee y McClellan luchaban hacia el este en la Batalla de South Mountain, los cañones de Walker abrieron fuego contra las posiciones de Miles alrededor de la 1:00 PM. Más tarde esa tarde, Jackson ordenó al Mayor General A.P. Hill que se moviera a lo largo de la orilla oeste del Shenandoah para amenazar a la Unión que quedaba en Bolivar Heights. Al caer la noche, los oficiales de la Unión en Harpers Ferry sabían que se acercaba el final, pero no pudieron convencer a Miles de atacar Maryland Heights. Si hubieran avanzado, habrían encontrado las alturas protegidas por un solo regimiento, ya que McLaws había retirado la mayor parte de su comando para ayudar a embotar el avance del VI Cuerpo en Crampton's Gap. Esa noche, contra los deseos de Miles, el coronel Benjamin Davis dirigió a 1.400 soldados de caballería en un intento de fuga. Cruzando el Potomac, se deslizaron por Maryland Heights y cabalgaron hacia el norte. En el transcurso de su fuga, capturaron uno de los trenes de artillería de reserva de Longstreet y lo escoltaron hacia el norte hasta Greencastle, PA.
Cuando amaneció el 15 de septiembre, Jackson había movido alrededor de 50 pistolas en las alturas opuestas a Harpers Ferry. Al abrir fuego, su artillería golpeó la retaguardia y los costados de Miles en Bolivar Heights y comenzaron los preparativos para un asalto a las 8:00 a.m. Creyendo que la situación era desesperada y sin darse cuenta de que el alivio estaba en camino, Miles se reunió con sus comandantes de brigada y tomó la decisión de rendirse. Esto fue recibido con cierta hostilidad por parte de varios de sus oficiales que exigieron la oportunidad de luchar para salir. Después de discutir con un capitán de la 126a. Nueva York, Miles fue golpeado en la pierna por un proyectil confederado. Cayendo, había enojado tanto a sus subordinados que inicialmente resultó difícil encontrar a alguien que lo llevara al hospital. Tras la herida de Miles, las fuerzas de la Unión avanzaron con la rendición.
La batalla de Harpers Ferry vio a los confederados sostener 39 muertos y 247 heridos, mientras que las pérdidas de la Unión totalizaron 44 muertos, 173 heridos y 12.419 capturados. Además, se perdieron 73 armas. La captura de la guarnición de Harpers Ferry representó la mayor rendición de la guerra por parte del Ejército de la Unión y la más grande del Ejército de los EE. UU. Hasta la caída de Bataan en 1942. Miles murió de sus heridas el 16 de septiembre y nunca tuvo que enfrentar las consecuencias de su actuación. Ocupando la ciudad, los hombres de Jackson tomaron posesión de un gran volumen de suministros de la Unión y el arsenal. Más tarde esa tarde, recibió una palabra urgente de Lee para unirse al ejército principal en Sharpsburg. Dejando a los hombres de Hill en libertad condicional a los prisioneros de la Unión, las tropas de Jackson marcharon hacia el norte, donde jugarían un papel clave en la batalla de Antietam el 17 de septiembre..
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