Uno de los desafíos más apremiantes que enfrentaron los estados africanos en Independence fue su falta de infraestructura. Los imperialistas europeos se enorgullecían de traer la civilización y el desarrollo de África, pero dejaron a sus antiguas colonias con poca infraestructura. Los imperios habían construido carreteras y ferrocarriles, o más bien, habían obligado a sus súbditos coloniales a construirlos, pero no estaban destinados a construir infraestructuras nacionales. Las carreteras y ferrocarriles imperiales casi siempre tenían la intención de facilitar la exportación de materias primas. Muchos, como el ferrocarril de Uganda, corrieron directamente a la costa.
Estos nuevos países también carecían de la infraestructura de fabricación para agregar valor a sus materias primas. Rico como muchos países africanos estaban en cultivos comerciales y minerales, no podían procesar estos productos por sí mismos. Sus economías dependían del comercio, y esto los hizo vulnerables. También estaban encerrados en ciclos de dependencias de sus antiguos amos europeos. Habían ganado dependencias políticas, no económicas, y como Kwame Nkrumah, el primer primer ministro y presidente de Ghana, sabía, la independencia política sin independencia económica no tenía sentido.
La falta de infraestructura también significaba que los países africanos dependían de las economías occidentales para gran parte de su energía. Incluso los países ricos en petróleo no tenían las refinerías necesarias para convertir su petróleo crudo en gasolina o combustible para calefacción. Algunos líderes, como Kwame Nkrumah, trataron de rectificar esto asumiendo proyectos de construcción masivos, como el proyecto de la represa hidroeléctrica del río Volta. La presa proporcionó electricidad muy necesaria, pero su construcción puso a Ghana en una gran deuda. La construcción también requirió la reubicación de decenas de miles de ghaneses y contribuyó al desplome del apoyo de Nkrumah en Ghana. En 1966, Nkrumah fue derrocado.
En Independence, había varios presidentes, como Jomo Kenyatta, tenían varias décadas de experiencia política, pero otros, como Julius Nyerere de Tanzania, habían entrado en la refriega política pocos años antes de la independencia. También hubo una clara falta de liderazgo civil capacitado y experimentado. Los niveles más bajos del gobierno colonial habían sido atendidos por súbditos africanos durante mucho tiempo, pero los rangos más altos estaban reservados para funcionarios blancos. La transición a oficiales nacionales en la independencia significaba que había individuos en todos los niveles de la burocracia con poca capacitación previa. En algunos casos, esto condujo a la innovación, pero los muchos desafíos que enfrentaron los estados africanos en la independencia a menudo se vieron agravados por la falta de liderazgo experimentado.
Las fronteras con las que quedaron los nuevos países de África fueron las dibujadas en Europa durante el Scramble for Africa sin tener en cuenta el paisaje étnico o social en el terreno. Los sujetos de estas colonias a menudo tenían muchas identidades que superaban su sentido de ser, por ejemplo, ghaneses o congoleños. Las políticas coloniales que privilegiaban a un grupo sobre otro o asignaban derechos políticos y territoriales por "tribu" exacerbaron estas divisiones. El caso más famoso de esto fueron las políticas belgas que cristalizaron las divisiones entre hutus y tutsis en Ruanda que condujeron al trágico genocidio en 1994..
Inmediatamente después de la descolonización, los nuevos estados africanos acordaron una política de fronteras inviolables, lo que significa que no intentarían volver a dibujar el mapa político de África, ya que eso conduciría al caos. Los líderes de estos países, por lo tanto, quedaron con el desafío de tratar de forjar un sentido de identidad nacional en un momento en que aquellos que buscaban una participación en el nuevo país a menudo jugaban con las lealtades regionales o étnicas de los individuos..
Finalmente, la descolonización coincidió con la Guerra Fría, que presentó otro desafío para los estados africanos. El empuje y atracción entre los Estados Unidos y la Unión de Repúblicas Socialistas Soviéticas (URSS) hizo que la no alineación sea una opción difícil, si no imposible, y aquellos líderes que intentaron tallar por tercera vía generalmente descubrieron que tenían que tomar partido.
La política de la Guerra Fría también presentó una oportunidad para las facciones que buscaban desafiar a los nuevos gobiernos. En Angola, el apoyo internacional que el gobierno y las facciones rebeldes recibieron en la Guerra Fría condujo a una guerra civil que duró casi treinta años..
Estos desafíos combinados dificultaron el establecimiento de economías fuertes o la estabilidad política en África y contribuyeron a la agitación que muchos (¡pero no todos!) Estados enfrentaron entre finales de los años 60 y finales de los 90.