La protonación es la adición de un protón a un átomo, molécula o ion. La protonación es diferente de la hidrogenación en que durante la protonación se produce un cambio en la carga de las especies protonadas, mientras que la carga no se ve afectada durante la hidrogenación..
La protonación ocurre en muchas reacciones catalíticas. Tanto la protonación como la desprotonación ocurren en la mayoría de las reacciones ácido-base. Cuando una especie es protonada o depronada, su masa y carga cambian, además de sus propiedades químicas se alteran. Por ejemplo, la protonación puede cambiar las propiedades ópticas, la hidrofobicidad o la reactividad de una sustancia. La protonación suele ser una reacción química reversible..