A mediados del siglo XI, los comerciantes de Amalfi establecieron una abadía benedictina en Jerusalén. Unos 30 años después, se fundó un hospital junto a la abadía para atender a los peregrinos enfermos y pobres. Después del éxito de la Primera Cruzada en 1099, el hermano Gerard (o Gerald), el superior del hospital, expandió el hospital y estableció hospitales adicionales a lo largo de la ruta a Tierra Santa..
El 15 de febrero de 1113, la orden fue nombrada formalmente los Hospitalarios de San Juan de Jerusalén y reconocida en una bula papal emitida por el Papa Pascual II.
Los Caballeros Hospitalarios también eran conocidos como Hospitalarios, la Orden de Malta, los Caballeros de Malta. De 1113 a 1309 fueron conocidos como los Hospitalarios de San Juan de Jerusalén; de 1309 a 1522 pasaron por la Orden de los Caballeros de Rodas; de 1530 a 1798 fueron la Orden Soberana y Militar de los Caballeros de Malta; desde 1834 hasta 1961 fueron Caballeros Hospitalarios de San Juan de Jerusalén; y desde 1961 hasta el presente se les conoce formalmente como la Orden Soberana Militar y Hospitalaria de San Juan de Jerusalén, de Rodas y de Malta..
En 1120, Raymond de Puy (también conocido como Raymond de Provenza) sucedió a Gerard como líder de la orden. Reemplazó la Regla Benedictina con la Regla Agustiniana y comenzó a construir activamente la base de poder de la orden, ayudando a la organización a adquirir tierras y riqueza. Posiblemente inspirados por los templarios, los Hospitalarios comenzaron a tomar las armas para proteger a los peregrinos y atender sus enfermedades y heridas. Los Caballeros Hospitalarios todavía eran monjes y seguían sus votos de pobreza personal, obediencia y celibato. La orden también incluía capellanes y hermanos que no tomaron las armas..
La cambiante fortuna de los cruzados occidentales también afectaría a los Hospitalarios. En 1187, cuando Saladino capturó Jerusalén, los Caballeros Hospitalarios trasladaron su cuartel general a Margat y luego a Acre diez años después. Con la caída de Acre en 1291 se mudaron a Limassol en Chipre..
En 1309 los Hospitalarios adquirieron la isla de Rodas. El gran maestro de la orden, que fue elegido de por vida (si el Papa lo confirma), gobernó a Rodas como un estado independiente, acuñando monedas y ejerciendo otros derechos de soberanía. Cuando los Caballeros del Templo se dispersaron, algunos templarios sobrevivientes se unieron a las filas de Rodas. Los caballeros ahora eran más guerreros que "hospitalarios", aunque seguían siendo una hermandad monástica. Sus actividades incluyeron la guerra naval; armaron barcos y partieron tras piratas musulmanes, y se vengaron de los comerciantes turcos con piratería propia..
En 1522, el control hospitalario de Rodas llegó a su fin con un asedio de seis meses por el líder turco Suleyman el Magnífico. Los Caballeros capitularon el 1 de enero de 1523 y abandonaron la isla con aquellos ciudadanos que decidieron acompañarlos. Los Hospitalarios no tenían base hasta 1530, cuando el emperador del Sacro Imperio Romano Carlos V dispuso que ocuparan el archipiélago maltés. Su presencia era condicional; El acuerdo más notable fue la presentación de un halcón al virrey del emperador de Sicilia cada año..
En 1565, el gran maestro Jean Parisot de la Valette exhibió un liderazgo excelente cuando impidió que Suleyman el Magnífico desalojara a los Caballeros de su cuartel general maltés. Seis años después, en 1571, una flota combinada de los Caballeros de Malta y varias potencias europeas prácticamente destruyeron la armada turca en la Batalla de Lepanto. Los Caballeros construyeron una nueva capital de Malta en honor a la Valette, a la que llamaron Valetta, donde construyeron grandes defensas y un hospital que atrajo a pacientes de más allá de Malta..
Los Hospitalarios habían vuelto a su propósito original. A lo largo de los siglos, abandonaron gradualmente la guerra en favor de la atención médica y la administración territorial. Luego, en 1798, perdieron Malta cuando Napoleón ocupó la isla camino a Egipto. Por un corto tiempo regresaron bajo los auspicios del Tratado de Amiens (1802), pero cuando el Tratado de París de 1814 le dio el archipiélago a Gran Bretaña, los Hospitalarios se fueron una vez más. Finalmente se establecieron permanentemente en Roma en 1834.
Aunque no se requería la nobleza para unirse a la orden monástica, se requería ser un Caballero Hospitalario. A medida que pasó el tiempo, este requisito se hizo más estricto, desde demostrar la nobleza de ambos padres hasta la de todos los abuelos durante cuatro generaciones. Una variedad de clasificaciones de caballeros evolucionaron para acomodar a los caballeros menores y a aquellos que renunciaron a sus votos para casarse, pero permanecieron afiliados a la orden. Hoy, solo los católicos romanos pueden convertirse en hospitalarios, y los caballeros gobernantes deben demostrar la nobleza de sus cuatro abuelos durante dos siglos..
Después de 1805, la orden fue dirigida por tenientes hasta que el cargo de Gran Maestro fue restaurado por el Papa León XIII en 1879. En 1961, se adoptó una nueva constitución en la que se definieron con precisión el estatus religioso y soberano de la orden. Aunque la orden ya no gobierna ningún territorio, emite pasaportes y el Vaticano y algunas naciones católicas europeas la reconocen como nación soberana..