Una parte de la síntesis moderna de la teoría evolutiva involucra la biología de la población y, en un nivel aún más pequeño, la genética de la población. Dado que la evolución se mide en unidades dentro de las poblaciones y solo las poblaciones pueden evolucionar y no los individuos, entonces la biología de la población y la genética de la población son partes complejas de la Teoría de la Evolución a través de la Selección Natural.
Cuando Charles Darwin publicó por primera vez sus ideas de evolución y selección natural, el campo de la genética aún no se había descubierto. Dado que el rastreo de alelos y genética es una parte muy importante de la biología de la población y la genética de la población, Darwin no cubrió por completo esas ideas en sus libros. Ahora, con más tecnología y conocimiento bajo nuestros cinturones, podemos incorporar más biología y genética de poblaciones en la Teoría de la Evolución..
Una forma de hacerlo es a través de la fusión de alelos. Los biólogos de población analizan el acervo genético y todos los alelos disponibles dentro de la población. Luego intentan rastrear el origen de estos alelos a través del tiempo para ver dónde comenzaron. Los alelos se pueden rastrear a través de varios linajes en un árbol filogenético para ver dónde se unen o vuelven a unirse (una forma alternativa de verlo es cuando los alelos se ramificaron entre sí). Los rasgos siempre se unen en un punto llamado ancestro común más reciente. Después del ancestro común más reciente, los alelos se separaron y evolucionaron hacia nuevos rasgos y muy probablemente las poblaciones dieron lugar a nuevas especies..
La teoría coalescente, al igual que el equilibrio de Hardy-Weinberg, tiene algunas suposiciones que eliminan los cambios en los alelos a través de eventos fortuitos. La teoría coalescente supone que no hay flujo genético aleatorio o deriva genética de alelos dentro o fuera de las poblaciones, la selección natural no funciona en la población seleccionada durante el período de tiempo dado, y no hay recombinación de alelos para formar nuevos o más complejos alelos Si esto es cierto, entonces se puede encontrar el ancestro común más reciente para dos linajes diferentes de especies similares. Si alguno de los anteriores está en juego, entonces hay varios obstáculos que deben superarse antes de que el ancestro común más reciente pueda ser identificado para esas especies.
A medida que la tecnología y la comprensión de la Teoría Coalescente se vuelven más fácilmente disponibles, el modelo matemático que lo acompaña se ha modificado. Estos cambios en el modelo matemático permiten resolver algunos de los problemas previamente inhibitorios y complejos con la biología de la población y la genética de la población, y todos los tipos de poblaciones pueden utilizarse y examinarse utilizando la teoría..